رهبر طالبان در پیام عید فطر به شایعات دربارۀ اختلاف میان اعضای گروه پرداخته و گفته که رژیم طالبان به سرنوشت مجاهدین سابق روبرو نخواهد شد.
به گزارش کشورنیوز، هبت‌الله آخوندزاده با اشاره به درگیری احزاب جهادی پس از غلبه بر حزب دموکراتیک خلق گفت که «جهاد در برابر شوروی و کمونیزم پیروز گردید، شوروی شکست خورد، اما در میان مسوولان اتفاق نه؛ بلکه خودخواهی بود، به همین سبب ثمره جهاد به دست نیامد، نظام اسلامی برپا نشد و افغانستان به نابسامانی های زیادی مواجه گردید.» اما او تأکید کرد که اگر اعضای طالبان از خودخواهی و اختلاف اجتناب کنند، نظام اسلامی حفظ خواهد شد.
رهبری طالبان دربارۀ بسیاری از مسایل کلان سیاسی و ملی، دچار اختلاف هستند. این اختلاف‌ها رسانه‌یی و عمومی نیز شده است. یکی از موارد جنجال‌برانگیز میان رهبری طالبان، بحث آموزش و کار زنان و دختران است. شماری از مقامات طالبان در کابل با گشایش مکاتب و دانشگاه‌ها به روی دختران موافق هستند. اما ملا هبت‌الله با بازگشایی مکاتب و دانشگاه‌ها به شدت مخالف است. او اخیراً در یک نوار صوتی گفت که تسلیم فشارهای جهان کفر نخواهد شد و به سنگسار و اجرای شریعت ادامه خواهد داد.
همچنان، گزارش‌هایی از کشیدگی میان طالبان دربارۀ حمایت از جریان‌های ترورستی وجود دارد. مثلاً شبکۀ حقانی موافق همکاری با تحریک طالبان پاکستان نیست. اما رهبری طالبان در کندهار تی‌تی‌پی را بخشی از تحریک طالبان افغانستان می‌داند. زیرا، اعضای تی‌تی‌پی با ملاهبت‌الله بیعت کرده‌اند.